已经划分了目录层次：Model在根目录、库文件在includes、静态文件在static、模板(View)在Styles……

你应该是想说Model应该放到另一个文件夹吧？

把Model放根目录，跟把它们放到另一个文件夹，没有实质性区别，只能说你的个人喜好更趋向于把Model放另一个目录。

说起来不止PHP，Android开发都分两个流派：Activity放在比其他包高一层的地方，另一种就是跟其他包同一目录深度。